因為沒有適當的掩埋場址，綠島和小琉球鄉公所與東管處思考轉運到台灣處理及興建焚化爐的可行性，然而離島興建焚化爐，不只營運成本高，污染防治沒有大型焚化爐完善。小琉球焚化爐興建獲得環保署補助，但是從去年完工至今無法運轉，因為一年營運成本高達七百萬，對鄉公所實在是沉重的負擔。
